Mm2cML

Mm2cMLとは？

Mm2cML（Molecular model to CML）はスマートフォンやデジタルカメラで複数枚撮影した分子模型画像からOpenMVG, OpenMVSを使用して三次元再構成を行い、それらを基に原子を配置することで分子シミュレーションに使用可能な構造ファイル（CMLフォーマット）を取得できるアプリケーションです。
これにより分子模型を使用して検討した構造を基にシミュレーションを行うことができます。
三次元再構成には画像に埋め込まれたハードウェアの情報が必要です。対応しているカメラ等のリストはこちらをご覧ください。
（当サイトではリストにiPhone7を追加しています。iPhone7で撮影した画像を使用できます。）

使用方法

step1. 対応しているカメラ等で分子模型を複数の角度から撮影します。
※exif情報を使用します、jpegフォーマットで撮影してください。
背景にはこちらの画像を使用すると良い結果が得られます。
撮影画像サンプルはこちら、サンプルを使用したは結果はこちらをご覧ください。
※サンプル結果では編集の保存はできません。
step2. 撮影した画像を一つzipファイルにします。階層構造の有無は問いません。
step3. 下記「Upload zipped file.」より撮影した画像をまとめたzipファイルをアップロードします。
※三次元再構成の時間を短縮するために画像サイズを縮小することがあります。
step4. サーバー上で三次元再構成が行われます。混雑具合や画像により数時間かかることがあります。
step5. 三次元再構成で得られた点群が表示されます。撮影した分子模型に合うように原子や結合の追加・移動・削除を行います。その後CMLファイルをダウンロードして完了です。

Upload zipped file.

現在論文投稿中です。再現性の検証や計算例などは論文に詳しく書かれています。

不明な点はmm2cml＠mol-processing.comまでお問い合わせください。ただし返信に時間がかかる場合があります。